La profession de Naturopathe avec diplôme fédéral regroupe pour l'instant quatre disciplines différentes:
Chacune de ces disciplines constitue un système global et autonome se basant sur les fondamentaux de la médecine alternative. Elles se différencient dans l’exercice de la pratique professionnelle spécifique à la discipline, selon les compétences du domaine "Compétences en médecine alternative" (cf. Profil professionnel).
Chaque discipline est représentée par une organisation responsable reconnue par l'OrTra MA.